Ergenekon iddianamesinde şüphelilerden İstanbul Üniversitesi eski Rektörü
Kemal Alemdaroğlu'nun 10.11.2007 ile 18.3.2008 tarihleri arasında yaptığı 272 telefon görüşmesinin özetleri yer aldı.
İddianamede,
"Şüpheli Kemal Yalçın Alemdaroğlu dosya hakkında bilgisinin olmadığını, herhangi bir suç işlemediğini, örgüt üyesi olmadığını, dava dosyası hakkında bilgi sahibi oldukları zaman bu konuda ayrıntılı beyanlarda bulunacağını ifade etmiş ise de;
"Şüpheli Kemal Yalçın Alemdaroğlu'nun profesör olduğu, rektörlük yaptığı, telefon konuşmalarından da anlaşılacağı gibi dönemin Cumhurbaşkanı Sayın Ahmet Necdet Sezer tarafından görevden alındığı ve bu konu ile alakalı hakkında birçok davaların açıklığı ve şüphelinin bu davaları takip edip yargı sürecinde kendi lehine kararlar almak için birçok girişimde bulunduğu
Hatta İşçi Partisi genel başkanı olan şüpheli Doğu PERİNÇEK'ten de yargı sürecine müdahale etmesi için talepte bulunduğu Doğu Perinçek'in de "Tamam. Biz görevi aldık, yerine getiriyoruz" şeklinde yargı sürecine müdahale edeceği ve bunun bir görev olduğunu belirtmekle, olayın sadece yargı süreci boyutu değil örgütsel boyutundan bakılıp görev olarak algılandığı,
Yine aynı şüphelinin örgüt üyelerinden Habip Ümit Sayın, Ferid İlsever ve Doğu PERİNÇEK ile bizzat darbe yapılması ile alakalı görüşmeler yaptığı gibi, darbe yapılması gerektiği konusundaki görüşlerini üst düzey askeri görevlerde bulunmuş emekli Paşalardan, üniversitelerin üst düzey yöneticileriyle birlikte aynı tür görüşmeleri yaptıkları
Yine şüpheli Kemal Yalçın Alemdaroğlu'nun üniversiteler arası kurulla alakalı seçimlerde etkili olduğu ve kendi görüşündeki insanları bu kurula seçtirmeye çalıştığı
Bbazı rektörleri yönlendirip meclise ve siyasi partilere baskı yaptırtmak için Fatih HİLMİOGLU isimli kişiyi yönlendirdiği anlaşılmaktadır" denildi.